El Instituto General de Investigación (IGI) de la UNI fue creado por disposición de la Ley 13417 promulgada en 1960, cuya tarea sería la de coordinar la labor desarrollada por los Consejos de Investigación que se establecerían en cada facultad, el IGI quedó instalado en abril de 1961 y su labor fue encargada a la División de Investigación Científica y Técnica, aunque por falta de presupuesto no se pudo implementar adecuadamente esta división. En la década de 1970 se hizo cargo de esta tarea la Dirección Universitaria de Investigación (originalmente Dirección Universitaria de Enseñanza e Investigación). El IGI fue implementado nuevamente a partir de agosto de 1984*.
En el año 2018, se realizaron modificaciones al organigrama de la Universidad, creando la Oficina de Gestión de la Investigación (OGI-UNI) que absorbió la mayor cantidad de acciones que realizaba el IGI. Adicionalmente, se creó al Oficina de Gestión de la Innovación y Transferencia Tecnológica (OGIT-UNI).
Durante su existencia, el Instituto General de Investigación, promovió la investigación entre investigadores de las diferentes Facultades de la Universidad, formando grupos interdisciplinarios, para que trabajen conjuntamente en la solución de un problema puntual en líneas de investigación que sintonicen con las necesidades del Perú.